一转眼八年时间过去了，在大崩坏的危机结束后，９９%的崩坏都被封印在了月球之中，从那一刻开始「崩坏」这一伴随着文明而生的灾难，终于划上了句号。但这个世界上仍存在着极少量的未被封印的崩坏，还在这世间继续游荡，在暗中威胁着人类。为应对残存的崩坏，在天命新任主教德丽莎的指示下，天命组织改组昔日的女武神部队为「天命特别行动队」，到世界各地清除那些隐藏着的崩坏。而我，亚当，就是由天命四大Ｓ级女武神之一的「雷电芽衣」直接领导的下属第三小队中的一员，也是圣芙蕾雅学院第一位男性学员。不过也正是因为我是圣芙蕾雅学院有史以来的第一位男性学员的关系，我与这位美丽动人的Ｓ级女武神之间有着一层不为人知的极为特殊的关系。